沉香因长年暴露在深山沼泽林野中，且天性就有抗菌特质，所以保存相对容易，但须注意以下几点:
1、不要与有味道的物件或器皿共同存放。例如不宜放在任何味道的木制抽屉、橱柜中，以免沾染杂味。最理想的收藏方式是自然阴干后置放在干净无杂味的陶罐、玻璃罐、锡盒或塑料保鲜盒中。
2、不要置放于阳光直接暴晒的地方，保存的空间务必讲求空气流通且无杂味。
3、新购置的沉香若含水湿，可用干布包裹自然阴干，不可直接风吹或日晒，以免干裂或变质，待品质趋于稳定
4、不要长久置放于冰箱内。有些人因怕沉香失重而长久保存于冰箱内，这是错误的，特别是棋楠。
5、若沉香沾染异味时，可泡清水数秒，再取出阴干。反复至洗尽杂味，再置放于同气味的沉香粉末中，自可恢复原有的气味。
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