一般来说，天然玛瑙手感凉，真玛瑙的温度是冬暖夏凉的，将玛瑙放进冰箱冷冻一会后，拿出来贴在手上，表面不会马上变热，其冰冷的感觉时间会比较长，而假玛瑙则会很快随人的体温变热。
天然玛瑙表面像涂了一层蜡，并有蜡的光泽，而假玛瑙却没有蜡状感觉和光泽。由于天然玛瑙在溶融状态下形成的结晶体，多为球状(如雨花石)，特别致密，表面硬度也很强，用一般的尖细硬物是很难在表面划出痕迹，而假玛瑙是无法做到这一点的。
市场上，假玛瑙主要有人工合成的玛瑙和用美丽优质的石材来冒充的玛瑙。这些假冒玛瑙产品和天然玛瑙最显著的区别，就是横断面有没有同心层纹结构。天然玛瑙都会有同心层纹结构，而假玛瑙则不会有。对于大块的玛瑙原料来说，这是最容易鉴别真假的。但是经切割后的玛瑙制成品，没有明显整齐的图案，通过这个方法则较难鉴别真假。这就需要从其他几个方面鉴别了：
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