据中国科学院西双版纳热带植物园官方网站消息，该园联合华南农业大学和北京脑科中心，收集了全球共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖四大洲12个国家的93个新冠病毒样本基因组数据(截至2月12日)，通过全基因组数据解析发现：武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入，而且病毒可能在去年12月初，甚至11月下旬已开始人际传播。
华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方传入
93个样本包含58种单倍型，演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体(mv1，可能是祖先单倍型，也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。
研究人员称，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生单倍型H2，H8-H12，而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。
可见，华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方传入，再在市场发生快速传播并蔓延。
另根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
新冠病毒单倍型的样品采集时间情况。红色圈的样品是确认与华南海鲜市场有关；蓝色圈的样本确认与海鲜市场无关。
此外，研究人员对H13和H38的病毒样品溯源发现，分别来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例）。
他们的旅行记录表明都是2019年12月底至2020年1月初在武汉被感染。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。
新冠病毒可能在去年12月初，甚至11月下旬已开始人际传播
研究还显示，新冠病毒在2月12日前发生过2次明显种群扩张：一次是2019年12月8日，该结果暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬已开始人际传播，随后在华南海鲜市场加快；研究推算今年2月份之前的种群扩张时间在1月6日，这个可能与元旦假期有关联。
华南海鲜批发市场资料图。张畅 摄
现在扩散的病例至少来自三个途径
为了能够细分来源，研究人员将58种单倍型分成了五组，采用标准是3个中心（古老超级传播者）单倍型（H1，H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）。
以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源，重庆和的病毒有两个来源。
其中，广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国，他们的患者感染源至少有两个，尤其是美国包括了五个来源。
新型冠状病毒58种单倍型的演化关系和地理分布格局（A，B），单倍型之间的可能演化关系（C），以及新型冠状病毒的可能传播和扩散路线(D)。A和B圆圈中的数据是样本数量。
非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国患者的传染源。其他国家患者因为样品比较少，大多数的来源比较单一，他们除了是武汉旅游输入或在武汉感染外，有一些人可能是在广东、新加坡等地被感染。
研究人员还发现，新冠病毒基因组还没有发生重组事件。
研究人员称，这项研究提到单倍型演化关系分析方法可以结合到传染病学研究中，对于寻找传染源，以及精确的传播和扩散方向能提供非常重要的信息。
