先说说佛教里流传的“三圣眼”菩提，那么何谓“三圣眼”呢？
所谓“三圣眼”是指 凤眼、龙眼、麒麟眼三眼，早先有个说法叫做“十车凤眼，一车龙眼。十车龙眼，一车麒麟眼。”其实说的就是凤眼好找，龙眼、麒麟眼难觅，又因为龙眼菩提上的三角形纹路与佛教金刚乘中的三角法源相近，特别适合这个时代修持母续的修法，因此倍受高僧大德、闭关行者秘修者喜爱。同时也成为金刚乘行者必备的念珠之一，
一、念珠材质的选择
菩提子念珠可修一切事业法。
关于这一点，在经续中有众多出处。《金刚空行续》云：“息增怀诛业，菩提子普作。”《金刚顶续》中也云：“复诸殊胜者，持命菩提子。”以菩提子（为数珠的念诵功德）倍数，也比其他数珠殊胜。前译续部云：“铁为珠两倍，如是铜四倍，珍珠为八倍，宝石为千倍，银为十万倍，莲子八千万，菩提子无数。”
此处所说的菩提子，为菩提树之果实。但却不一定只是类似于金刚座的菩提树果那样的果实。譬如，过去七佛的菩提树都是各不相同的，有些上师说，包括那伽树也在此列。所以，所谓菩提子，包含了所有菩提树类树木（的果实）。
二、念珠的串线方法：
一般使用108颗一串的念珠。在修五加行之大礼拜、供曼扎时，为了方便计数，也可使用25颗一串的念珠。与念珠配套的数珠计数器，可连接在佛头一侧的第五颗念珠旁的线上，佛头与数珠计数器之间的五颗念珠代表了五方佛。
不同的修法，串线的方法也可能不同。我们可使用白、黄、红、绿四色线，代表同时具备息、增、怀、诛四种事业的加持。调好发心，清净身语意后，猛厉祈请上师三宝加持，之后开始贯串佛珠：左手持着一颗一颗的念珠子，右手拿着拧成一股的四色线，一边串一边专注念诵“吽、吽、吽...”，并观想附在念珠上的染污被完全清除，同时我们的垢染和烦恼也被彻底去除。串好后，在佛头上边打三个结，这代表了三身佛。需要注意的是，珠子之间的距离要松紧适度。太紧会带来寿障或其他修行障碍；太松则比较慢才得到本尊的悉地。
念珠线断了的话，有些人喜欢随便打个结就继续使用，这是不好的。合适的做法是整条念珠换上全新的四色线，串好并重新加持，然后再继续使用。
三、念珠的加持方法：
念珠串好后，我们要念咒加持。先念21遍《加持念珠咒》（请以上师的传承录音为准，文字仅供参考：“嗡汝子扎满但纳耶 ra那 曼纳达拉扎纳德瓦啊呗堪扎吽梭哈”），再念3遍《缘起咒》（请以上师的传承录音为准，文字仅供参考：“嗡耶达玛黑德抓巴瓦，黑敦得堪达塔嘎多哈雅巴达，得堪匝友呢若达，诶旺巴德玛哈夏玛纳耶梭哈”）。观想上师三宝加持，念珠和我们众生得以清净，所有障碍得以遣除，再观想迎请佛菩萨圣众降临到念珠里面，这串念珠真正地与佛菩萨无二无别，具足殊胜的加持力。
四、念珠的使用方法：
念珠加持好后，需要如法地使用。根据自宗传承，念诵的时候，将念珠线观为本尊，将珠子观为本尊的眷属，左手持念珠，每念诵一句咒语，拨动一颗念珠。当念完一圈拨到佛头位置时，继续顺着原来方向越过佛头开始新一圈的拨动，不需要掉转方向。
念诵时需保证质量，不要有赶任务的心态，而是以适中的速度、专注地念咒、拨珠、观想。如果念咒期间出现吐痰、咳嗽、讲话、走神、打哈欠、打喷嚏等现象，那最好补念。
